各个企业面临的困难各不相同，但主要的问题几乎一致，包括：将MES管理系统当作杯子碗碟等传统物质商品;财务、生产物流等模块分割，数据分离;没有达成降低库存、成本、提升效益等真正MES管理系统的应用效益指标。究其原因到底是什么?
除去那些有失偏颇的观点，影响国内MES管理系统成败的因素主要是下列3点：仅仅把MES当作一种工具
为使用MES管理系统而使用MES管理系统，没有在MES应用之前调整理顺业务流程，构建规范化的管理体系。
建议：治标治本。在MES管理系统应用之前调整理顺业务流程，构建规范化的管理体系。MES与传统商品****的区别就在于：它是一种管理思想方法与流程，因此，是否将MES当作管理看待、是否在MES应用之前理顺业务流程，构建规范化的管理体系成为MES应用成功与否的第一个前提。
选型失败
选择了一个流程不通、功能不全或者不实用于本企业的MES管理系统。
建议：应当选择真正功能强大且适合自己的MES管理系统。MES管理系统与传统商品的第二区别在于：无法从其外表是判断出其优劣好坏。很多企业不了解如何选择一个适合自己的MES管理系统，如果买了一个错误且功能低下的MES管理系统，那就无可挽回了，即使是再优秀的实施顾问也不可能修改系统本身的问题。
MES管理系统供应商的服务不到位
供应商们也不都是专业人士，他们会选择派遣程序员来实施服务，而不是企业管理人员。这些程序员往往没有管理经验、不懂财务也不懂企管，所提供的服务无法契合业务流程。
建议：MES管理系统的成功3分靠产品，7分靠实施。MES管理系统与传统商品的第三区别在于：MES管理系统非常注重实施，实施决定成败及应用效果。因此MES系统供应商应当选择那些既懂财务、成本，又懂企业管理的顾问师来提供到位的项目制实施方案。
